表皮囊肿一般都不会自己消失。大多数表皮囊肿不需要治疗，继发感染后需要使用抗菌药物治疗，体积较大的表皮囊肿需要手术切除。
表皮囊肿是发生在真皮层内的囊性肿物，可能是皮肤附属器的上皮细胞异常增殖、发育后形成的囊腔，也可能是由于摩擦刺激或者轻微外伤将部分表皮带入到了真皮层内形成的囊性肿物。一经形成这种囊肿，就会表现为局部组织结构异常，通常都没有自己消失的可能。极个别表皮囊肿有可能发生破裂，将里面的内容物排出后暂时消失，但经过一段时间后又会再次出现。
表皮囊肿是一种良性肿物，一方面增长的速度比较缓慢，另一方面基本上不引起疼痛或瘙痒等自觉症状，基本上不会影响自然寿命，所以，体积小、没有继发细菌感染的表皮囊肿一般都不用治疗。
如果因经常挤压刺激或者自发性破裂后被厌氧菌、金黄色葡萄球菌等化脓性细菌侵入表皮囊肿内，继发细菌感染，引起化脓性炎症，出现局部红、肿、热、痛的症状，则需要使用抗菌药物进行抗感染治疗，比如服用克拉霉素胶囊、阿莫西林克拉维酸钾分散片等，并且在感染控制后及时手术切除病灶。
如果表皮囊肿的体积比较大，对周围的组织产生了压迫刺激，导致局部胀痛或者麻木等症状，一般建议及时手术治疗，切除表皮囊肿。手术时需要将囊壁完整剥除，才能达到彻底治愈表皮囊肿的效果，如果囊皮有残留，术后仍然比较容易复发。
