孕晚期胎儿头大腿短，可能的原因包括生理现象、胎儿头部发育畸形、胎儿下肢发育异常等。
1.生理现象。超声检查时提示胎儿的头颅相对偏大、下肢相对偏短，但是头颅内部结构正常，没有占位性病变，没有脑室内积水，下肢的形态、结构和活动度正常，一般考虑属于生理现象。造成这种现象的原因，一方面与遗传因素有关，比如夫妻双方中任何一方的身材比较矮小，下肢相对比较短，他们的孩子有可能出现这种现象，孩子出生以后的体形与父母亲有较多相似之处。比如怀孕期间孕妇体内的钙质摄入量不足、蛋白质摄入相对缺乏，可能影响四肢发育，导致腿短的现象，及时补充这些营养素可以得到纠正。
2.胎儿头部发育畸形。因为怀孕期间体内叶酸等营养素缺乏，或者感染风疹病毒、弓形虫等病原体，或者受放射损伤、化学损伤及遗传因素的影响，导致染色体突变，有可能对胎儿颅内结构的发育产生影响，导致胎儿颅内出现占位性病变或者脑积水，使胎儿头颅的体积明显增大，表现出头大腿短的现象。进行胎儿头颅超声检查或核磁共振检查，通常可以发现颅内结构异常。
3.胎儿肢发育异常。除了遗传因素，以及钙质和蛋白质缺乏影响下肢长骨的发育导致孩子的腿短以外，还有可能因为一些化学损伤、电离辐射、感染性因素、子宫病变的影响，导致胎儿的下肢发育异常，长度明显不足，出现头大腿短的现象。
