治疗鼻窦炎不存在特效药。急性鼻窦炎大多属于化脓性炎症，治疗急性鼻窦炎的药物以各种抗菌药物为主，必要时可以使用收缩血管的滴鼻剂、具有通窍功效的中成药进行治疗。慢性鼻窦炎的治疗，以糖皮质激素类药物为主。
1.抗菌药物。规范使用抗菌药物是治疗急性鼻窦炎的主要措施，替硝唑、甲硝唑等硝基咪唑类抗菌药，头孢曲松钠、青霉素等β-内酰胺类抗菌药，盐酸左氧氟沙星、加替沙星等喹诺酮类抗菌药，阿奇霉素、罗红霉素等大环内酯类抗菌药，硫酸庆大霉素、阿米卡星等氨基糖苷类抗菌药，都可以用于鼻窦炎的治疗。病情轻微时选用其中的任何一种药物治疗，病情严重时需联合良种药物治疗，病情轻微的口服给药，病情严重时需注射途径给药。大部分患者经过3-5天的抗感染治疗后，鼻窦炎得以控制，临床症状明显减轻。
2.可以收缩血管的滴鼻剂。鼻窦炎引起鼻腔黏膜充血，鼻塞症状严重时，可以考虑使用盐酸麻黄素滴鼻液、盐酸萘甲唑啉滴鼻液等药物治疗，起到收缩血管、缓解鼻塞症状的作用，但持续使用的时间一般建议不超过一周。
3.中成药。常用药物如通窍鼻炎颗粒、鼻舒适片等，都可以用来治疗鼻窦炎，缓解临床症状。
4.糖皮质激素类药物。糖皮质激素类药物是治疗慢性鼻窦炎的主要用药，大多都以鼻腔内局部滴注糖皮质激素类药物为主要用药措施，比如糠酸莫米松滴鼻液、醋酸曲安奈德鼻喷雾剂、布地奈德鼻喷雾剂等。大多在持续用药12周及以上时，可发挥理想的治疗效果。
